Het vijfde koorboek, officieel ms. 1443 geheten en in het gebruik codex E genoemd, is vervaardigd in of rond 1567 en daarmee jonger dan het zesde koorboek, dat uit 1565/66 stamt. Net las codex F is codex E geen pronkboek maar een, relatief klein, gebruiksboek dat is samengesteld uit verschillende bij elkaar gebonden manuscripten, die op meerdere papiersoorten en in verschillende kopiisten-handschriften zijn geschreven. Men zou bijna denken dat men tot het bijeenbinden van ‘restjes’ in een heus boek is overgegaan om verlies te voorkomen.

Van augustus tot november 1566 waren er geen katholieke diensten in de Pieterskerk. De schutterij en speciale wachteenheden moesten zorgen dat de onrust in de stad in goede banen werd geleid, en op het stadhuis heerste een crisis situatie tussen hervormingsgezinde en katholieke stadsbestuurders. Op 10 november 1566, St. Maartensdag, werd er een nieuwe raad geïnstalleerd, keert de rust weer in Leiden en nemen de katholieke erediensten, waaronder de getijden, weer een aanvang. Het jaar daaropvolgend neemt ‘de coninck van Hispanien’ een strafmaatregel ter vergelding van de tumultueuze gebeurtenissen in de Nederlanden.

Hij stuurt de hertog van Alva met 16.000 soldaten. De landvoogdes Marghareta van Parma neemt (gedwongen) ontslag en Alva stelt een rechtbank in, de Raad van Beroerte, bijgenaamd de Bloedraad. Vanaf augustus 1565 heerst er een waar schrikbewind.

Tegen deze achtergrond is codex E ontstaan.  niemand in dat jaar realiseerde zich dat het de vooravond zou zijn van het einde van het Zeven-getijdencollege. Misschien hebben de zangers na de shockerende gebeurtenissen in hun kerk ingezien dat het belangrijk was om hun materiaal in een handzamere, dat wil zeggen, gebonden vorm, bij een te brengen, en  geeft codex E daarom zo’n rommelige indruk. Het is een grillige en zeer diverse verzameling muziekstukken en genres waar Flamingus weer de hoofdrol speelt; boven twaalf stukken prijkt zijn naam, en van nog  eens drieëndertig stukken mag men aannemen dat ze ook van zijn hand zijn, dat is bijna de helft van het boek, dat in totaal 105 composities bevat. Ook Joachim de Monte en Benedictus [Appenzeller] zijn goed vertegenwoordigd. Bovendien treffen we werken aan van twee oud-zangmeesters van de Pieterskerk, uit de veertiger jaren.