Het zesde koorboek, officieel ms. 1443 geheten en in het gebruik codex F genoemd, is vervaardigd rond 1565/66 en daarmee ouder dan het vijfde koorboek, dat uit 1567 stamt.

Beide boeken hebben een ander formaat dan de boeken 1 tot en met 4. Ze zijn slechts de helft zo groot en zijn samengesteld uit bijeengevoegde losse handschriften. Niet alleen qua grootte verschillen ze van de eerste boeken, ook de status van het handschrift is anders. De noten, teksten en lay-outs van de eerste drie boeken waren verzorgd en kostbaar, lees duur, en door één kopiist gemaakt, die van laatste twee koorboeken zijn niet altijd even fraai om te zien en door verschillende kopiisten in een ‘snel’ handschrift geschreven. Ondanks die relatieve onaantrekkelijkheid kon er niettemin wel goed uit gezongen worden.

Het zesde koorboek staat bekend als ‘het misbouc’ omdat er niet minder dan tweeëntwintig missen in staan. Er was ooit nóg een ‘misboek’, daterend uit 1550, maar dat koorboek is helaas verloren gegaan. Er bestaat geen overgeleverd document dat uitsluitsel geeft welke dagen er in de Leidse Pieterskerk belangrijk genoeg werden geacht om op te luisteren met meerstemmige missen. Het ligt voor de hand dat dat vooral de hoogtijdagen waren; Kerst, Pasen, Pinksteren en Mariafeesten.

Wel weten we dat er elke donderdag een mis ter ere van het heilig sacrament gezongen werd, en elke maandag een mis voor het zielenheil van het stichters echtpaar van het zeven-getijdencollege; Willem van Zwieten en zijn vrouw Huge. Deze missen zullen ongetwijfeld veelal gregoriaans zijn gezongen, maar wellicht ook wel eens meerstemmig.

Enkele missen zijn geschreven door componisten die met Habsburgse hoven van Karel V en Maria van Hongarije in verband kunnen worden gebracht, zoals Nicolas Gombert, Thomas Crecquillon, Jean Richafort, Benedictus [Appenzeller] en Pierre de la Rue. Verder zijn er werken van twee andere Franco-Vlaamse zangmeesters; Lupus Hellinck uit Brugge en Jean Courtois. De laatste schreef al in 1540 een fraai inhuldigingsmotet voor de Habsburgse keizer die toen, op weg naar de rebellen in Gent, een ‘joyeuse entree’ te Kortrijk maakte, waar Courtois zangmeester was.

Een vredesmis in roerige tijden. Ook van de hand van de ijverige Flamingus, die in codex D zijn entree maakte als kopiist en componist, zijn twee antifonen, een hymne en twee kyrie-zettingen met de toevoeging van zijn naam opgenomen. Het is echter waarschijnlijk dat nog drie andere, weliswaar naamloos, maar overduidelijk in Flamingus’ handschrift overgeleverde missen óók van hem kunnen zijn.

Dat Flamingus juist boven de door een sequens onderbroken Missa da pacem de datering ‘1566’ aanbracht mag omineus genoemd worden. De fricties tussen hervormingsgezinden en katholieken werden dat jaar heviger en heviger en zouden uiteindelijk culmineren in de beruchte Beeldenstorm, die op 26 en 27 augustus van dat jaar ook in de Leidse Pieterskerk zou woeden. De aanwezigheid van een ‘mis voor de vrede’ krijgt in dit licht iets betekenisvols.